El hallazgo del Lignum Crucis se remonta al siglo IV d.C y se encuentra muy relacionado con Santa Elena. Una noche del año 311 Constantino El Grande, hijo de Santa Elena, vio iluminada en el cielo una cruz en la cual ponía “In Hoc signo vincis” (con esta señal vencerás). Esa misma noche ordenó que este símbolo fuese colocado en todas las banderas y estandartes de su ejército. Si bien en un primer momento tenía todas las de perder finalmente consiguió vencer al enemigo sin dificultades considerando que la Cruz había sido la responsable de esta victoria decretando por ello la libertad para los cristianos.
Santa Elena, en un momento de su vida ya avanzado, sintió una profunda necesidad de viajar a Jerusalén para buscar la verdadera cruz de Cristo. Cuando llegó allí reunió a un importante número de sacerdotes que la indicaron donde se encontraba el lugar donde había sido crucificado y se dirigió hacia allí. Allí encontró tres maderos ensangrentados ocultos y ante la duda de cual era el de cristo decidió llevarlos a la casa de una mujer enferma que estaba agonizando. Colocó la primera cruz sobre la mujer y no ocurrió nada; con la segunda tampoco mientras que cuando colocó la tercera cruz sobre su cuerpo la mujer recuperó instantáneamente la salud llegando a la conclusión de que se trataba de la Vera Cruz.
Por ello fueron en procesión con ella por Jerusalén, y según cuenta la leyenda se produjeron más curaciones. Luego mandó dividir la Santa Cruz en tres partes; una se quedó en Jerusalén, la otra se envió a Constantinopla y otra a Roma.
El empeño de algunos cofrades de esta penitencial de tener una garantía absoluta de que el pequeño trozo de madera que se venera en San Pablo y procesiona el Jueves Santo era el auténtico trozo de la Cruz de Cristo (Lignum Crucis), desembocó en que a principios Febrero de 2002 la Santa Sede otorgase a la Cofradía Penitencial y Sacramental de la Santa Vera Cruz de Palencia una reliquia del Lignum Crucis.
El 3 de Mayo, fiesta titular de la Cofradía, los hermanos y devotos que lo desean besan dicha reliquia.